COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.538391
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.633740
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 13.767988
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 13.851496
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 13.947110
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 14.033813
2021-02-10 17:00:00 13.137694 13.137694 14.099876

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 10.484268
2021-02-15 17:00:00 3.670041 12.188429 10.087480
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 10.028684
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 10.099515
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 9.999591
2021-02-11 17:00:00 8.051290 13.761468 10.164871
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.155844 10.340326

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 16.546091
2021-02-15 17:00:00 12.946429 16.833667 16.623566
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 16.696559
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.464231
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 16.263660
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 15.917343
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 15.828798

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 7.130972
2021-02-15 17:00:00 9.384164 5.538728 7.110713
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 6.998628
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.057965
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.221646
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 7.294898
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 7.318283

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 17.466913 24.915359 15.575850
2021-02-15 17:00:00 14.721122 24.428528 15.704246
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 15.900603
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 15.774386
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 15.708807
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 15.633463
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 15.551777

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 25.095769
2021-02-15 17:00:00 42.279635 27.853424 25.230986
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 25.562521
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 25.705726
2021-02-12 17:00:00 29.986352 26.408657 25.855957
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 25.782005
2021-02-10 17:00:00 16.902944 24.245729 25.762262

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 11.054974
2021-02-15 17:00:00 9.638554 1.713062 11.365622
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 11.742346
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 12.260158
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 12.714198
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 13.216977
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 13.856583

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.403710
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.352059 5.380445
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.436624
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.433479
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.432974
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.477231
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.522269

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.445189
2021-02-15 17:00:00 13.739377 7.825736 11.673147
2021-02-14 17:00:00 15.792507 15.792507 12.281361
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 12.640028
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 12.902165
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 13.199114
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 13.492881

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 21.177774
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 21.112746
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 20.936915
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 20.950328
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.604927
2021-02-11 17:00:00 20.496842 20.496842 20.455290
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 20.220037

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 9.248748 9.248748 10.885039
2021-02-15 17:00:00 21.297837 3.876439 11.108474
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 11.364978
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 11.576147
2021-02-12 17:00:00 15.084944 15.084944 11.782712
2021-02-11 17:00:00 11.707533 16.050878 12.023057
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 12.211797

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 2.405498 2.405498 8.933359
2021-02-15 17:00:00 12.023460 12.023460 9.185024
2021-02-14 17:00:00 8.811959 8.811959 9.440675
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 9.554677
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 9.755786
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 9.984824
2021-02-10 17:00:00 14.486922 7.947686 10.123345

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 155.371901 155.371901 103.837566
2021-02-15 17:00:00 52.475248 151.237624 102.169001
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 99.093658
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 98.311845
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 96.392040
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 95.726419
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 94.683379

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 NaN
2021-02-15 17:00:00 16.560510 124.203822 NaN
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 NaN
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 NaN
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 NaN
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 NaN
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 12.104251
2021-02-15 17:00:00 15.363031 7.811664 11.922509
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 12.103842
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 12.255492
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.417313
2021-02-11 17:00:00 18.819247 11.348528 12.679953
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 12.843412

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 24.902240
2021-02-15 17:00:00 17.903477 17.903477 25.531369
2021-02-14 17:00:00 56.264412 56.264412 26.290613
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 26.407132
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 26.695309
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 26.878463
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 26.886310

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.222787
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.293649
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.562183
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 4.696411
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 4.913037
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 5.237727
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 5.373596

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 10.165893
2021-02-15 17:00:00 8.266932 6.125461 10.355050
2021-02-14 17:00:00 13.030468 9.111661 10.604055
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 10.908414
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 11.093971
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 11.365908
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 11.675048

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 5.905826 4.701896 6.494749
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.547386 6.716635
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 6.936760
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 7.138356
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 7.352361
2021-02-11 17:00:00 8.993964 7.072435 7.588718
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 7.702751

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 25.696497
2021-02-15 17:00:00 64.497041 25.840179 25.024946
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 25.125132
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 25.084748
2021-02-12 17:00:00 33.021390 33.021390 25.238413
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 25.265450
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 25.474588

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 3.225806 9.782609 9.143606
2021-02-15 17:00:00 37.500000 9.890110 9.549768
2021-02-14 17:00:00 4.629630 4.629630 9.727452
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 10.000355
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 10.134443
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 10.419838
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 10.712716

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 25.278986
2021-02-15 17:00:00 17.007763 26.039305 24.797061
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 24.646163
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 24.834618
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 24.811766
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 24.971278
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 24.859739

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.563710 12.563710 10.484268
Basilicata 14.492754 14.492754 16.546091
Calabria 5.990099 5.990099 7.130972
Campania 17.466913 24.915359 15.575850
Emilia-Romagna 16.473792 16.473792 25.095769
Friuli Venezia Giulia 10.699588 10.699588 11.054974
Lazio 4.687992 4.687992 5.403710
Liguria 8.493467 8.493467 11.445189
Lombardia 21.596842 21.596842 21.177774
Marche 9.248748 9.248748 10.885039
Molise 2.405498 2.405498 8.933359
P.A. Bolzano 155.371901 155.371901 103.837566
P.A. Trento 69.395018 69.395018 NaN
Piemonte 13.279366 13.279366 12.104251
Puglia 15.139616 15.139616 24.902240
Sardegna 2.929427 2.929427 4.222787
Sicilia 11.038502 11.038502 10.165893
Toscana 5.905826 4.701896 6.494749
Umbria 20.656028 20.656028 25.696497
Valle d'Aosta 3.225806 9.782609 9.143606
Veneto 24.557352 24.557352 25.278986

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Tue Feb 16 17:36:04 2021 revision 195, 405a9e4